Se ubica en la pequeña y estratégica porción del país situado al extremo sur-este de la Vertiente Caribe.
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El Refugio Nacional Mixto de Vida Silvestre Gandoca-Manzanillo, se ubica en la pequeña y estratégica porción del país situado al extremo sur-este de la Vertiente Caribe. Enmarcado por el río Sixaola, fronterizo con Panamá hacia el este, por la fila montañosa hacia el sur y bañado por el Caribe en sus blancas playas y ricos arrecifes en el norte. Limita con la Reserva Indígena Kékoldi, la Reserva indígena de Bribrí Talamanca, la Reserva indígena Cabécar de Talamanca, la Reserva Indígena Telire, la Reserva Indígena Tayní y el Parque Internacional La Amistad. Con sus 5.013 hectáreas continentales y sus 4.436 hectáreas marinas, el Refugio Nacional de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo ocupa alrededor del 70% del Caribe Sur. Los ecosistemas terrestres mejor representados en el Refugio son los humedales, declarados “de importancia internacional especial” para los efectos de la Convención sobre Humedales de importancia Internacional, (RAMSAR).
Ubicación
- El sector de Manzanillo, se encuentra en la Provincia de Limón, Cantón Talamanca, Distrito Cahuita, caserío Manzanillo, sus oficinas administrativas, están contiguas a la Delegación Policial de Manzanillo.


- El sector de Gandoca, se encuentra en la Provincia de Limón, Cantón Talamanca, Distrito Sixaola, 12 km desde la entrada principal (ruta N°36), diagonal al Liceo Rural de Gandoca.